校徽用套圆形徽标。圆形构图浑然一体，象征着学校师生凝聚、团结、融合及对美好未来的追求，展现学院师生向高水平教学研究型大学昂首迈进的信心与勇气。整体设计结构严谨，色彩和谐，富于表现力。

徽标中间由红白相间的“太极图”构成，象征古老的中医药生生不息、和谐永久地发展，同时也象征一轮喷薄而出的太阳，表示河南中医学院不断发展壮大，拥有灿烂辉煌的明天。“太极图”下方是一株绿色植物，绿色象征着希望，也象征中医学院是一片培育中医药人才的沃土，其绿色植物托起的圆形图案象征中医药院校的育人硕果。

外环上方“河南中医学院”字样是郭沫若题写的校名。下方的英文字母是2006年本科教学水平评估时学校确定的“HENAN UNIVERSITY OF TCM” （河南中医药大学）的英文大写。而1998年校庆时确定的是“HENAN COLLEGE OF TCM”